El FEDER centra les seves inversions a diverses àrees prioritàries clau. Això es coneix com a «concentració temàtica»:

– innovació i recerca,
– programa digital,
– suport a les petites i mitges empreses (pimes),
– economia de baixes emissions de carboni.

Els recursos del FEDER assignats a aquestes prioritats dependran de la categoria de la regió.

a les regions més desenvolupades, almenys un 80 % dels fons ha de centrar-se en dos d’aquestes prioritats com a mínim,
a les regions en transició, el límit mínim és d’un 60 % dels fons,
per a les regions menys desenvolupades, el mínim és del 50 %.

A més, alguns dels recursos del FEDER han de destinar-se específicament a projectes d’economia de baixes emissions de carboni:

a les regions més desenvolupades: 20 %,
a les regions en transició: 15 %,
a les regions menys desenvolupades: 12 %.

Cooperació territorial europea

En el marc dels programes de Cooperació territorial europea, almenys un 80 % dels fons es concentraran a les quatre àrees prioritàries esmentades anteriorment.
Característiques territorials específiques

El FEDER presta especial atenció a les característiques específiques de cada regió. L’acció del FEDER s’ha dissenyat per reduir els problemes socioeconòmics i mediambientals a les àrees urbanes i se centra especialment en el desenvolupament urbà sostenible. Almenys un 5 % dels recursos del FEDER es reserva per a aquesta comesa, a través de les «accions integrades» gestionades per les ciutats.

Les zones desfavorides per causes naturals des del punt de vista geogràfic (zones remotes, muntanyenques o poc poblades) es beneficien d’un tractament especial. Finalment, les zones ultraperiféricas també es beneficien de l’ajuda específica del FEDER per solucionar els possibles inconvenients deguts a la seva llunyania.