Le FEDER centre ses investissements dans différentes zones prioritaires clés. Cela est connu sous le nom de « concentration thématique » :

• innovation et recherche,
• programme digital,
• support pour les petites et moyennes entreprises (PME),
• économie de faibles émissions de carbone.

Les ressources du FEDER assignées à ces priorités dépendront de la catégorie de la région.

• Dans les régions les plus développées, au moins 80 % des fonds doivent se centrer sur deux de ces priorités minimum.
• Dans les régions en transition, la limite minimale est de 60 % des fonds.
• Dans les régions à développer, le minimum est de 50 %.

En outre, certaines des ressources du FEDER doivent être destinées spécifiquement à des projets d’économie de faibles émissions de carbone :

• Dans les régions les plus développées : 20 %,
• Dans les régions en transition : 15 %,
• Dans les régions moins développées : 12 %.

Coopération territoriale européenne

Dans le cadre des programmes de Coopération territoriale européenne, au moins 80 % des fonds se concentreront sur les quatre zones prioritaires mentionnées précédemment.

Caractéristiques territoriales spécifiques

Le FEDER veille tout particulièrement aux caractéristiques spécifiques de chaque région. L’action du FEDER a été conçue pour réduire les problèmes socio-économiques et environnementaux dans les zones urbaines et ce centre tout particulièrement sur le développement urbain durable. Au moins 5 % des ressources du FEDER est réservée dans ce but, à travers des  « actions intégrées » gérées par les villes.

Les zones défavorisées pour des causes naturelles du point de vue géographique (zones à distances, montagneuses ou peu peuplées) bénéficient d’un traitement spécial. Finalement, les zones ultraperifèriquesbénéficient également de l’aide spécifique du FEDER pour résoudre les éventuels inconvénients en raison de leur éloignement.